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腸内フローラ検査が気になっているけれど、どれを選べばいいのか分からない、ということはありませんか？ 病院で受けるものもあれば、自宅から郵送するものもあって、何を比べればいいのかが分からないと、なかなか決めにくいものですよね。
そこで、今回は腸内フローラ検査の選び方についてお伝えしていきます。
この記事では、病院で受ける道と郵送で受ける道の違いと、検査を選ぶときに見る2つの軸を知ることができます。
腸内フローラ検査は、一部の病院でも受けられる
受けられる所はあります。ただし健診の基本項目ではありません。厚生労働省が示す特定健康診査の項目に、腸内の菌を調べる検査は入っていません。人間ドックのオプションとして置いている施設や、郵送型と同じ検査を医療機関を通して受けられる形があります。
医療機関で受ける利点は、結果をその場で読んでもらえることです。もし、おなかの症状があって調べようとしているなら、検査より先に、医療機関でその症状を診てもらってください。
郵送の検査で違うのは、日数と比べる相手
郵送型は、どれも手順は似ています。キットで便を採り、採ってから1週間以内にポストへ投函します。違うのは、返ってくるまでの期間と、何と比べて判定を出しているかです。
菌の構成は食事で動きます。研究では、動物性の食品に寄せると翌日から構成が変わり、やめて2日で元に戻ったと報告されています。だから1回の結果は「その日の便」の記録で、読める情報が増えるのは、同じ検査で間隔をあけて測ったときです。同じ便でも検査が違えば結果が変わる話は、腸内フローラ検査とはで説明していますので、こちらもぜひご覧ください。
比べる相手が日本人のデータかを見る
日本人106名と12か国861名を比べた研究では、日本人はビフィズス菌を含む一群が他国より多いという違いが出ています。海外のデータを物差しにした判定は、日本に住む人にそのまま重ならないことがある。比較の相手が誰なのかは、判定の言葉より先に見る価値のある点です。
食事の記録で分かることと、受けない選び方
食事の記録を2週間つけるだけで、野菜と発酵食品がどれくらい入っているかの見当はつきます。
2回目を受ける気がないなら、1回だけの結果から読める情報は限られます。その場合は、受けないことも、ひとつの答えです。
腸内フローラ検査キットを3社で比べる表
食事の記録で見当がつくのは、何をどれくらい食べているかまでです。しかし、腸の中にどんな菌がどれくらいの割合でいるかは、記録からは見えないもの。そこで、選ぶときに見る2つの軸（同じ検査で2回できるか・日本人のデータと比べているか）に当てて、今回ご紹介する3つの検査を、公式サイトの表示をもとに並べました（2026年10月6日確認・料金は税込）。
| マイキンソー | Flora Scan（プリメディカ） | chatFLORA G | |
|---|---|---|---|
| 同じ検査で2回できるか | 何度でも。2回目からは前回からの推移が同じ画面に出る | 2回セットがある（前回との比較の表示は未確認） | 続けて検査すると、過去のスコアも並べて見られる |
| 日本人のデータと比べているか | 比較の相手は、提供元が調べた平均値 | 日本人1,803名のデータベース | 日本人のデータベース（スコアは日本人平均と比較） |
| 料金 | 19,800円 | 19,800円（1回）／35,640円（2回） | 13,800円（キャンペーン価格。定価19,800円） |
| 結果が出るまで | キット到着から3〜4週間ほど | キット到着から最大5週間ほど | 検体受領後およそ3〜4週間 |
続けやすさで選ぶなら、前回との比較を同じ画面に出す作りの検査です。マイキンソーの腸内フローラ検査は、多様性のスコア、主な菌の種類別の割合、A〜Eの5段階の評価がマイページに返ってきて、2回目からは前回からの推移も同じ画面に並びます。
日本人のデータで選ぶなら、比較の相手を明かしている検査です。プリメディカのFlora Scanは、京都府立医科大学・摂南大学との共同研究で、日本人1,803名の腸内フローラのデータをもとに5つのタイプに分けています。Flora Scan（プリメディカ）は、結果のあとに、管理栄養士から食生活についてのアドバイスを無料で受けられます。
chatFLORA G（KEAN Health）で気をつけたいのは、申し込みの選び方です。定期の条件に「お約束回数」があり、毎月なら12回、2か月ごとなら6回、3か月ごとなら4回、4か月ごとなら3回を受け取るまで、途中で解約できません。解約の期限は、次回お届け予定日の1日前までです。1回だけ受けたいなら、定期ではない購入を選んでください。
同じ検査で続けたいのか、日本人のデータと比べたいのか、自分が大事にしたい軸の行を見て、合う検査を選んでみてはいかがでしょうか？
なお、どの検査も、返ってくるのは便の中の菌の種類と割合と、そこから出した評価です。Flora Scanの提供元は、病気を早く見つけるための検査ではなく、食生活などを見直すきっかけにするための検査だと説明しています。表の数字は、申し込む前に提供元のページで見直してください。
選ぶ軸は、続けられるかと比べる相手の2本
選ぶ軸は、同じ検査で続けられるかと、何と比べているか、の2本でした。
今日できるのは1つです。上の表の「同じ検査で2回できるか」の行を見て、数か月あけてもう1回受ける気があるかを、スマホのメモに「ある」か「ない」で書いてください。「ある」なら、その列の検査の公式ページで料金と定期の条件を読みます。「ない」なら、今回は見送ってかまいません。
結果が返ってきてからの読み方は、別の記事にあります。
受ける時期については、腸内フローラ検査はいつ受ける？もあわせてどうぞ。
出典（2026年10月確認）
- 特定健康診査の検査項目｜e-ヘルスネット（厚生労働省）
- 16S rRNA遺伝子から見る腸内細菌叢の魅力｜生物工学会誌
- The gut microbiome of healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness｜DNA Research (2016)
- Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome｜Nature (2014)
- 腸内フローラ検査の説明｜マイキンソー（サイキンソー）
- Flora Scan（フローラスキャン）｜プリメディカ
この記事は、公的機関・学会・査読のある論文をもとに構成しました。下書きの作成にAIを使い、数値と出典は一次資料と照らして確認しています。
この記事は一般的な情報をまとめたもので、診断や治療を目的としたものではありません。検査結果について気になることがあれば、検査を受けた医療機関か、かかりつけの医師にご相談ください。
