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おなかの調子が気になっているのに、健診では「異常なし」と言われたことはありませんか？ 理由がはっきりしないままだと、腸の中がどうなっているのか、一度確かめてみたくなるものですよね。
そこで、今回は腸内フローラ検査についてお伝えしていきます。
この記事では、腸内フローラ検査が何を調べているのかと、結果から分かることと分からないことを知ることができます。
腸内フローラ検査は、便の中の菌の種類と割合を見る
まず、そもそも腸内フローラって何？というお話をしていきます。腸の中には、たくさんの種類の菌がすんでいます。この菌の集まりを、腸内フローラ（腸内細菌叢）と呼びます。腸内フローラ検査は、便の中にいる菌の「種類」と「割合」を調べる検査です。
多くの検査が使っているのは、16S rRNA遺伝子解析という方法です。
細菌はどれも16S rRNAという遺伝子を持っていて、その配列は菌の種類ごとに少しずつ違います。そこで、便から取り出したDNAのこの部分だけを増やし、次世代シーケンサーという装置で一気に読みます。配列の違いから、どの菌が、どれくらいの割合でいたかが分かります。
菌を1つずつ育てて（培養して）調べる必要がないので、たくさんの菌をまとめて調べられます。これがこの方法の強みです。
同じ便でも、検査によって結果が変わることがある
同じ便を測っても、検査によって結果が変わることがあります。
16S rRNA遺伝子には、変化の大きい領域がいくつかあります。どの領域を読むか（V3-V4など）を検査ごとに選んでいて、選んだ領域が違うと、出てくる菌の構成が変わることが指摘されています。
つまり、A社の結果とB社の結果を並べて「増えた」「減った」と読むのは危ういということです。比べるときは、同じ検査を使いましょう。
日本人のデータと比べられるかは、選ぶときに見る点
腸内の菌の構成は、食べているものや暮らし方で変わります。そのため、海外のデータをそのまま当てはめても、うまく合わないことがあります。
日本では、京都府立医科大学・摂南大学などが、同じ方法で解析した健康な人と病気の人あわせて1,803人分のデータをもとに、腸内環境を評価する仕組みを共同で作っています。数万人分の日本人のデータベースを持つ事業者もあります。
日本人のデータと比べられるかどうかは、検査を選ぶときに見る価値のある点です。
菌の名前と割合だけでは、意味は決まらない
菌の名前と割合が分かっても、それが自分にとって何を意味するかは、それだけでは決まりません。症状やこれまでの経過とあわせて、専門の医師が総合的に読むことが最も重要だと、検査を提供している側も述べています。
「この菌が少ないから、これをとればよい」という単純な話にはなりません。検査は材料を出すところまでで、判断はその先にあります。
何が分かって、何が分からないか
返ってくるのは、便の中にいた菌の種類と割合です。それだけで、おなかの調子の理由が決まるわけではありません。しかし、自分の腸にどんな菌がどれくらいの割合でいるのかは、便の形や回数を見ているだけでは分からないもの。そこで、日本人のデータと比べた自分の腸内フローラを知りたい方に向けて、今回ご紹介する「Flora Scan（プリメディカ）」があります。
Flora Scanでは、上でお話しした京都府立医科大学・摂南大学などとの共同研究による日本人1,803名のデータをもとに、自分の腸内フローラが5つのタイプのどれに当たるかを知ることができます。
申し込むと検査キットが届きます。キットの受検コードを登録し、自宅で便を採ってから1週間以内にポストへ出すと、結果をWebで見ることができます。結果は、キットが検査会社に届いてから最大5週間ほどで見られます。
なお、結果を見てどうしたらよいか迷っても、管理栄養士から食生活についてのアドバイスを無料で受けられるので安心です。
日本人のデータと比べた結果が気になっている方は、Flora Scan（プリメディカ）の公式サイトで、詳しい内容を確かめてみてはいかがでしょうか？
Flora Scan（プリメディカ）（日本人1,803名のデータと比べる腸内フローラ検査）
料金: 19,800円（1回）／35,640円（2回）（税込・2026年10月25日確認）
ただし、おなかの症状が続いているときは、検査を申し込むより先に、医療機関でその症状を診てもらってください。
今日できること
おなかの調子が気になって、健診では異常なしと言われた人に、この検査が答えを出してくれるとは限りません。先に、お金のかからない方法を1週間だけ試してみましょう。
- 便の様子を1週間メモする。書くのは日付と、形（かたい・ふつう・ゆるい）だけで、3行で足ります
- 同じメモに、その日に食べた発酵食品と野菜を一言書きます。量は書かなくて大丈夫です
- 1週間分を並べて、便の形が日によって変わっているかどうかを見てみます
菌の構成は食事で動きます。1週間の記録は、お金をかけずにそろえた7日分の「その日の記録」です。検査を受けるかどうかは、その7日を見てから決めても遅くありません。
病院で受ける方法や、ほかの郵送の検査との比べ方は、腸内フローラ検査の選び方でも説明していますので、ぜひご覧ください。
結果票が返ってきたら、判定の言葉より先に根拠の欄を見ます。その順番を、遺伝子検査を例に 遺伝子検査の結果の見方 で説明しています。腸内フローラの結果票を前にしたときも、同じ順番が使えます。
いつ受けると読みやすいかは、腸内フローラ検査はいつ受ける？にまとめています。
出典（2026年10月確認）
- 16S rRNA遺伝子から見る腸内細菌叢の魅力｜生物工学会誌
- 腸内細菌叢測定・解析サービス（16S rRNA遺伝子解析）｜プリメディカ
- 16S rRNA解析（細菌叢解析）｜タカラバイオ
- 腸内細菌群集の網羅的代謝機能データベース｜生化学（日本生化学会）
この記事は、公的機関・学会・査読のある論文をもとに構成しました。下書きの作成にAIを使い、数値と出典は一次資料と照らして確認しています。
この記事は一般的な情報をまとめたもので、診断や治療を目的としたものではありません。検査結果について気になることがあれば、検査を受けた医療機関か、かかりつけの医師にご相談ください。
