ヨーグルトで腸内細菌は変わる？｜研究で分かったことと人による違い

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おなかのために、毎朝ヨーグルトを食べたり、夕食に納豆やキムチを足したりしていませんか？

続けてはいるものの、それで自分の腸の中の菌が本当に変わっているのかは、目に見えないので分かりにくいもの。せっかく続けるなら、何が起きているのかを知りたくなりますよね。

そこで、今回はヨーグルトや発酵食品と腸内細菌の関係についてお伝えしていきます。

この記事では、発酵食品を多くとった研究で分かったことと、食べた菌が腸でどうなるのか、そして人によって違う所を知ることができます。

発酵食品を多くとった研究では、菌の種類の多さが上がった
発酵食品と腸内細菌の基本
食べた菌の多くは、腸に住みつかずに通り過ぎる
菌が腸に住みつくかどうかは、人によって違う
発酵食品を、ふだんの食事に入れるときにできること
出典（2026年11月7日確認）

発酵食品を多くとった研究では、菌の種類の多さが上がった

ヨーグルトなどの発酵食品をたくさんとる食事を続けた研究では、腸内細菌の種類の多さが、少しずつ上がっていきました。

アメリカのスタンフォード大学の研究グループが2021年に発表した研究では、健康な大人36人を18人ずつに分け、一方には発酵食品を、もう一方には食物繊維の多い食べ物を、10週のあいだ増やしてもらいました。発酵食品のグループが食べたのは、ヨーグルト、ケフィア、キムチなどの発酵した野菜、コンブチャなどです。食べる量は、1日0.4食分ほどから、平均6.3食分ほどまで増えていました。これは研究のために決めた量で、ふだんの食事でとる量の目安ではありません。

その結果、発酵食品のグループでは、便の中の腸内細菌の多様性（菌の種類の多さ）が、期間を通して少しずつ上がっていました。一方で、食物繊維のグループでは、研究の期間の中では多様性は変わりませんでした。

ただし、これはアメリカの大人36人の研究で、ふだんよりかなり多い量の発酵食品をとっています。日本の人を調べた研究でも、ヨーグルトだけを食べた研究でもありません。ですので、「発酵食品を多くとる食事で、腸内細菌の種類の多さが上がることがある」と分かった段階だと読むのがよいでしょう。

発酵食品と腸内細菌の基本

まず、そもそも発酵食品とは何か、というお話をしていきます。

発酵食品は、菌などの小さな生き物の働きで作られた食べ物です。ヨーグルト、納豆、キムチ、ぬか漬け、味噌などが、身近な発酵食品になります。ヨーグルトの中には、乳酸菌や、ビフィズス菌が入っている物があります。

一方、私たちの腸の中にも、もともとたくさんの細菌がすんでいます。この菌の集まりを、腸内細菌や腸内フローラと呼びます。生きた菌が入った発酵食品を食べると、もともと腸にいる菌のところへ、食べ物の中の菌が外から入ってくることになります。

ここでよく出てくる言葉が「プロバイオティクス」です。厚生労働省の統合医療の情報サイトでは、プロバイオティクスを、体に取り入れることで健康によいことがあると考えられている生きた微生物で、ヨーグルトや発酵食品、サプリメントなどに含まれる物と説明しています。

なお、腸内細菌学会の用語集では、プロバイオティクスと呼べるのは、胃液や胆汁に耐えて生きたまま腸に届くことなどが、研究で確かめられた特定の菌に限られる、としています。ですので、発酵食品に入っている菌が、どれもプロバイオティクスというわけではありません。

食べた菌の多くは、腸に住みつかずに通り過ぎる

食べた菌は、多くの場合、腸に住みつかずに便と一緒に出ていきます。

腸内細菌学会のよくある質問には、ビフィズス菌入りのヨーグルトを食べたときの便を調べると、もともと大腸にいるビフィズス菌と一緒に、食べたビフィズス菌が見つかることがある、と書かれています。食べている間は、食べた菌が腸を通っているということです。

しかし、食べるのをやめると、その菌は見つからなくなることが多いです。プロバイオティクスを研究する人たちの国際的な団体（ISAPP）は、食べるのをやめてから1〜2週間をこえて便から見つかるのはまれで、ふつうは腸に住みつかない、としています。どれくらい残るかは、食べた量や菌の種類で変わります。

菌が腸に住みつくかどうかは、人によって違う

食べた菌が腸にとどまりやすいかどうかは、人によって違います。

イスラエルの研究グループが2018年に発表した研究では、11種類の菌を混ぜた物を飲んでもらい、内視鏡で腸の壁から直接、菌を調べました。調べた人のうち15人が、菌を混ぜた物を飲むグループと、菌の入っていない物を飲むグループに分かれました。飲んだ人は全員、便から菌が見つかりましたが、腸の壁で菌が見つかったのは一部の人だけでした。どちらになるかは、飲む前の腸内細菌の顔ぶれなどから、ある程度予想できたと報告されています。

これは少ない人数の研究で、ヨーグルトではなく菌を混ぜた物を飲んだ結果です。それでも、同じ物を食べても、腸の中で起きることは人によって違うかもしれない、ということは分かります。便に菌が出ていても、腸にとどまっているとは限らない、という点も大事な所です。

食べている発酵食品の種類や量は、自分で分かります。しかし、その菌が自分の腸でどうなっているのか、そもそも自分の腸にどんな菌がどんな割合でいるのかは、外からは見えないもの。そこで、自分の腸内細菌の顔ぶれを一度知っておきたいときは、郵送で受ける腸内フローラ検査という方法があります。

今回ご紹介する「マイキンソー」は、株式会社サイキンソーの腸内フローラ検査です。家で便を採って送ると、自分の腸内細菌がどんな顔ぶれで、どのくらいの割合でいるのかを知ることができます。

公式サイトの結果サンプル画面には、「腸内フローラ総合判定」「健康長寿菌判定」「腸内細菌割合」「多様性スコア」などの欄が並んでいます。このうち多様性スコアは、先ほどの研究でも出てきた菌の種類の多さに、偏りの少なさも合わせて表した数字です。また、見本の画像では、健康長寿菌判定の欄にビフィズス菌の割合が出ています。

結果は、送った便が検査室に届いてから約3〜4週間で、マイページで見ることができます。

ただし、この検査で分かるのは、便を採った日の、便の中の菌の割合です。それぞれの菌の量までは分かりません。食べたヨーグルトの菌が腸に住みついたかどうかや、発酵食品が自分に合っているかどうかは、この結果からは分かりません。

この検査が向いているのは、発酵食品を食べている自分の腸に、いまどんな菌がどのくらいの割合でいるのかを、一度知っておきたい方です。一方で、この検査は病気の診断をするものではないため、おなかの不調が病気かどうかを知りたい方には向きません。

ヨーグルトや納豆を食べているいま、おなかの菌の多様性やビフィズス菌の割合がどう出るのかを見てみたい方は、マイキンソーで分かる欄を、公式サイトで確かめてみてはいかがでしょうか？

マイキンソー（自分の腸内細菌の割合を知る、郵送の腸内フローラ検査）

料金: 19,800円（税込・送料無料。2026年11月7日確認）

販売ページには、1回ずつ買う方法（単品）のほかに定期便もあります。公式の定期便のページには「定期購入に回数の縛りはございません。次回お届け予定日の5日前までであればいつでも解約・スキップが可能です。」と書かれています。定期便は、解約するまで次の回のお届けが続く買い方です。1回だけ受けたいときは、単品（1回のみ）を選びましょう。定期便の届く間隔は、申し込む前に販売ページで確かめてください。

マイキンソーの公式サイトで詳しく見る

マイキンソーを受けられるのは6歳以上で、6歳未満の子どもは受けることができません。もし、おなかの痛みや下痢など、気になる症状があるときは、食べ物を変えて様子を見たり、検査の結果を待ったりせずに、医療機関でお医者さんに診てもらってください。

発酵食品を、ふだんの食事に入れるときにできること

発酵食品を食事に入れるなら、ヨーグルトなど1つの物にしぼらず、ほかの発酵食品も選んでみるのも1つの方法です。先ほどの研究でも、発酵食品のグループはヨーグルトだけでなく、発酵した野菜や飲み物など、何種類もの発酵食品を食べていました。

例えば、朝はヨーグルト、夕食は納豆や味噌汁、ぬか漬けやキムチ、というように、食事ごとに違う発酵食品を選ぶ形です。

まずは、自分の1日の食事のどこに発酵食品が入っているかを見てみましょう。例えば、私のある日の朝は、バナナとプロテインドリンクでした。こうして並べてみると、その日の朝には発酵食品が入っていないことが分かります。

あわせて、野菜や豆、海藻などの食物繊維の多い食べ物もとりましょう。食物繊維は、消化されずに大腸まで届き、腸内細菌が分解して使っています。食物繊維と腸内細菌の関係は、食物繊維は腸内細菌のエサ？の記事でお伝えしています。

なお、乳製品などに食物アレルギーがある方や、アレルギーが疑われる方は、発酵食品を増やす前にお医者さんに相談し、その指示にしたがってください。医療機関で食事の指示を受けている方（塩分を控えるように言われている方など）も、自分の判断で味噌汁や漬物などを増やさず、お医者さんの指示にしたがってください。

ちなみに、多様性スコアが何を表す数字なのかは、腸内フローラ検査の「多様性」は何の数字？の記事で、検査を受けるのに向いた時期は、腸内フローラ検査はいつ受ける？の記事で、病院と郵送の検査の比べ方は、腸内フローラ検査の選び方の記事でも説明していますので、ぜひご覧ください。

出典（2026年11月7日確認）

この記事は、国や学会が公開している資料と、公開されている論文をもとに構成しました。数値と出典は一次資料と照らして確認しています。

診断や治療をするものではありません。
検査結果について気になることがあれば、検査を受けた医療機関か、かかりつけの医師にご相談ください。