腸内フローラ検査を受けてみようかと思ったとき、「いつの便を採って出せばよいのか」で迷ったことはありませんか？ 今日の便でいいのか、少し待つべきなのか、どの検査のページにもはっきり書いていないと、決めにくいものですよね。
そこで、今回は腸内フローラ検査を受ける時期についてお伝えしていきます。
この記事では、検査の前に空けたほうがよい出来事と、2回目の検査をいつ受けるかの考え方を知ることができます。
1回目の結果は、菌の種類と割合の記録
返ってくるのは便の中にいた菌の種類と割合で、疲れやすさやおなかの張りの理由は返りません。
1回目の検査の意味は、自分の結果の記録が1つできることです。数字が高いか低いかが決まるのは、2回目の結果を並べたときです。
菌の構成を大きく動かすのは、抗菌薬や旅行
ここで言う「揺れる出来事」は、便の中の菌の構成を大きく動かす出来事のことです。いちばんはっきりしているのは、抗菌薬（抗生物質）を飲んだあとです。
2018年にNature Microbiologyという学術誌に載った研究では、健康な成人男性12人に強い抗菌薬3種類を4日間使い、その後半年間、腸内の菌を追いかけました。菌の構成全体はおよそ1か月半で元に近いところまで戻りましたが、使う前に全員が持っていた9種類の菌は、180日たっても多くの人で見つかりませんでした。
12人の、しかも最後の手段にあたる強い薬の話で、数日だけ飲んだ薬にこの日数は当てはめられません。この研究から言えるのは、「飲み終わった翌日の便は、ふだんの自分の便とは異なる」という向きだけです。
旅行や食べ方を大きく変えた直後も、菌の構成が動くので同じです。
どれくらい空ければいいのですか？
公の基準はありません。調べた範囲では、日数を決めた指針も、提供元が示す待つ期間も見つかりませんでした。
決められるのはここまでです。飲み終わってすぐに便を採るのは避けましょう。上の研究で構成全体が元に近づくまでにおよそ1か月半かかったことからも、1か月以上あけられるなら、そのほうが読みやすくなります。
2回目の結果は、同じ検査でないと並べられない
A社の1回目の結果とB社の2回目の結果を並べて「増えた」「減った」と読むことはできません。検査ごとに、菌のDNAのどの部分を読むかが違い、読む場所が違えば出てくる菌の構成も変わるからです。
提供元のページに「前回との比較」「推移」に当たる言葉が無い検査は、1回で終わる前提の作りです。あとで2回目と比べたい方は、その言葉がある検査を選びましょう。
2回目の検査は、いつ受けますか？
ここにも日数の決まりは無く、見るのは、1回目のあとに自分で変えたことが2回の検査のあいだに入っているかどうかです。
例えば、発酵食品や食物繊維の取り方を変えたなら、それを続けた期間をはさんでから2回目を受けます。何も変えずに並べても、見るものは増えません。2回受けることが先に決まっているわけではありません。
出す前に、検査のページで「前回との比較」を探す
いま見比べている検査のページで、「前回との比較」「推移」に当たる言葉があるかを探してみてください。
次に、この1か月に抗菌薬・旅行・いつもと違う食べ方のどれかがあったかを思い出します。無ければ、今日の便で構いません。あれば、最後に当てはまった日から1か月後のところに、カレンダーで印を付けます。
おなかの不調が数週間以上続いているとき、便に血が混じるとき、体重が減っているときは、順番が逆です。検査より先に、医療機関でその症状を診てもらってください。
どの検査にするか迷っているなら、病院と郵送の違いと3社の費用を比べた腸内フローラ検査の選び方をご覧ください（この先の記事には広告があります）。
返ってきた結果のどこを見るかは、腸内フローラ検査の結果の見方でも説明していますので、ぜひご覧ください。受けると決めてからで間に合います。
出典（2026年10月確認）
- Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure｜Nature Microbiology 2018（PubMed）
- 16S rRNA遺伝子から見る腸内細菌叢の魅力｜生物工学会誌
- 16S rRNA解析（細菌叢解析）｜タカラバイオ
この記事は、公的機関・学会・査読のある論文をもとに構成しました。下書きの作成にAIを使い、数値と出典は一次資料と照らして確認しています。
この記事は一般的な情報をまとめたもので、診断や治療を目的としたものではありません。検査結果について気になることがあれば、検査を受けた医療機関か、かかりつけの医師にご相談ください。
