腸活の話を読んでいると、「善玉菌を増やそう」「悪玉菌を減らそう」という言葉をよく見かけませんか？
なんとなく分かった気になっても、何がどう「善い」のか「悪い」のかは、意外と説明できないものですよね。
そこで、今回は善玉菌と悪玉菌の違いについてお伝えしていきます。
この記事では、善玉菌・悪玉菌・日和見菌という3つの呼び名が何を基準にした分け方なのかと、きっぱりとは分けにくい理由を知ることができます。
腸内細菌は、腸にすむ数百種類の細菌
腸内細菌とは、その名のとおり、人の腸の中にすんでいる細菌のことです。腸内細菌学会によると、腸内細菌は数百種類に分かれていて、種類ごとに集まりをつくりながらすみついています。こうした腸の中の細菌の集まり全体を、「腸内フローラ」や「腸内細菌叢（ちょうないさいきんそう）」と呼びます。
おなかの中でも、場所によって菌の数は大きく違います。消化液の多い胃や十二指腸には菌が少なく、小腸、大腸と先へ進むほど増えていきます。大腸の中には酸素がほとんど無いため、酸素が苦手な菌がとても多くすんでいます。ビフィズス菌も、その代表の1つです。
善玉菌と悪玉菌は、人への働きで分けた呼び名
3つの呼び名は、菌の種類の名前ではありません。人にとってどう働くかで分けた呼び名です。腸内細菌学会は、これらを「学術的な用語ではなく俗称」と説明しています。研究で使う正式な言葉ではなく、ふだん使われている呼び名ということです。
学会の説明では、それぞれ次のような菌を指して呼ばれてきました。
| 呼び名 | どんな菌を指すか | 例として挙がる菌 |
|---|---|---|
| 善玉菌 | 人にとって役に立つ働きをする菌 | 乳酸菌・ビフィズス菌など |
| 悪玉菌 | 病気や食中毒の原因になる菌 | ウエルシュ菌・一部のサルモネラ菌など |
| 日和見菌 | 善玉菌にも悪玉菌にも分けられない菌 | （学会の説明では、例の菌は挙げられていない） |
例えば、善玉菌の例のビフィズス菌は、乳酸と酢酸をたくさん作ります。一方で、悪玉菌と呼ばれる菌の中には、腸の中で腐敗をおこし、アンモニアなどを作るものがいます。ウェルシュ菌のように、悪玉菌の例に挙がる菌も、人の腸の中にすんでいます。腸の中で何を作るかも、菌によって違うのです。
善玉菌と悪玉菌は、きっぱり分けられる？
これが、なかなか難しいところです。腸内細菌学会は、日和見菌と考えられていた菌の中にも、人にとって役に立つ働きをする菌がいるなど、一概に分けるのは難しいことが分かってきたと説明しています。
もう1つ、同じ名前の菌でも、働きが同じとは限りません。例えば、大腸菌やバクテロイデス菌には、毒を作る仲間（毒性株）と、そうでない仲間がいます。菌の名前を聞いただけでは、善いか悪いかは決まらないのです。
ですので、「この菌は善玉」「この菌は悪玉」と言葉だけで決めるより、腸の中にどんな菌が、どのくらいの割合でいるかという全体の様子で見ていくことが大切です。学会も、腸内細菌は多くの種類が、それぞれの割合を保ちながら一緒にすんでいると説明しています。
腸内フローラ検査で返ってくる、菌の名前と割合
多くの腸内フローラ検査では、便の中の細菌の遺伝子を調べて、どんな菌がどのくらいの割合でいるかを見ています。返ってくるのは菌の名前と割合で、それだけでは、自分にとって何を意味するかまでは決まりません。
腸内フローラ検査が何を調べていて、何が分からないのかは、腸内フローラ検査とはの記事で詳しくお伝えしています。
今日の食事の、野菜・果物・発酵乳製品を見る
腸内細菌学会は、ビフィズス菌を増やすために、オリゴ糖（ビフィズス菌を増やす働きをする糖）を含む食品を心がけるとよいとしています。野菜や果物には、オリゴ糖を含むものが比較的多くあります。あわせて、生きた乳酸菌やビフィズス菌を含む発酵乳製品をとることも挙げています。また、ビフィズス菌は、偏った食事やストレス、ある種の抗生物質や年をとることでも減ると言われています。
まずは、今日の食事に、野菜や果物、発酵乳製品がどれだけ入っているかを見てみましょう。
例えば、私のある日の夕食は、ご飯・豚汁・さば・納豆・キムチでした。納豆やキムチも発酵食品ですが、ビフィズス菌を増やす話で学会が挙げているのは、発酵乳製品のほうです。こうして書き出してみると、野菜や果物、発酵乳製品のうち、何が入っていて何が入っていないかが見えてきます。
もし、腸内フローラ検査を受けてみたいと思ったら、病院と郵送の検査の違いを腸内フローラ検査の選び方の記事でも説明していますので、ぜひご覧ください。
出典（2026年10月確認）
- 腸管内にすむ善玉菌、悪玉菌、日和見菌とは何ですか？｜よくある質問｜腸内細菌学会（公益財団法人）
- ヒトの腸内にはどのような微生物が棲んでいるのですか？｜よくある質問｜腸内細菌学会（公益財団法人）
- ビフィズス菌と乳酸菌の違いを教えてください。｜よくある質問｜腸内細菌学会（公益財団法人）
- おなかのビフィズス菌を増やすにはどうしたらいいですか？｜よくある質問｜腸内細菌学会（公益財団法人）
- ビフィズス菌はヒトの腸管内でどのようなはたらきをしているのでしょうか。｜よくある質問｜腸内細菌学会（公益財団法人）
- 腸内菌叢と腸内フローラ、microbiotaはどう違うのですか？｜よくある質問｜腸内細菌学会（公益財団法人）
この記事は、公的機関・学会・査読のある論文をもとに構成しました。数値と出典は一次資料と照らして確認しています。
この記事は一般的な情報をまとめたもので、診断や治療を目的としたものではありません。
検査結果について気になることがあれば、検査を受けた医療機関か、かかりつけの医師にご相談ください。
